工程研究院组建于2009年11月，下设综合管理中心、智能建造研究所、数字建造研究所、焊接研究所四个部门。占地面积约20000m3，建筑面积3500m3，其中研发及生产车间1500m3；各类科研和生产设备360余台，其中科研专业设备50余台套、焊接设备120余台、热处理设备30余台、工作站30余套。

工程研究院作为公司的科研创新平台，经过多年在工程技术领域的科研和技术服务实践，致力于为客户提供工程技术整体解决方案。业务覆盖“工程技术开发”、“工程专用装备研制”“焊接热处理服务”“BIM技术咨询与培训”等领域。

工程研究院自成立以来承接国家科技重大专项两项，省部级课题二十余项，拥有上海市企业技术中心、中国核建压水堆建造中心等研发创新平台。具有国家核安全局颁发的民用核安全设备焊工、焊接操作工考核中心资质和上海市质量技术监督局颁发的特种设备焊工考试机构等资质，具有工程测量丙级资质以及多项科研成果和发明专利。

2017年3月11日，公司与西华大学联合成立“ 焊接技术与工程联合实验室”，共建焊接技术平台；2018年5月26日，公司与东华理工大学联合成立“中核五公司—东华理工BIM技术应用联合研发中心”，共建BIM技术应用研发平台；2017年3月27日，“中国核建-上海交大核电建造智能装备与工艺研究联合实验室”在中核五公司总部正式揭牌成立，平台用于推进产、学、研、用和协同创新。